我是高中生侦探工藤新一，某天和女朋友毛利兰到游乐园玩的时候，目击了黑衣人的可疑交易现场，当时我只顾着偷看交易，却没注意到从我背后过来的另一个同伙，我被那名男子强灌了毒药。

等我醒过来……

我的身体已经缩小了。

要是被他们发现工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人，在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。

当小兰问及我的名字，情急之下，我化名为江户川柯南。

为了收集那些家伙的情报，住进父亲以侦探为业的小兰家中。

最近我身边出现了两个身份可疑的家伙。

雨宫斯凯勒，目前跟我同班，“N.0计划”的实验体之一，她似乎也是服用了APTX4869之后缩小的人，不过她现在似乎很沉溺于小学的生活。

雨宫未茗，雨宫斯凯勒的姑姑，同为“N.0计划”的实验体，德兰尼家族的养女，跟那个黑色组织似乎有某种联系，目前正在跟安室透，也就是潜入组织卧底的公安警察降谷零交往。

不过我总觉得她的身份还有更多的谜团。

身体虽然变小，但头脑依旧灵活。

无所不知的名侦探。

真相只有一个！